החצר הקטנה והציורית של 'בית הרב' בו התגורר הרב קוק בשתים־עשרה השנים האחרונות לחייו ידעה ימים יפים מאלה. גדרות פח ומגדלים רבי קומות מסתירים כמעט לחלוטין את הכניסה למבנה העתיק שהוקם לפני כמאה ושבעים שנים.
את ימי ההוד בהם התגורר הרב קוק במקום, ואת קולותיה ומראותיה של ישיבת 'מרכז הרב' שפעלה במבנה במשך שנים רבות, מחליפה ערימת ענק למחזור בקבוקים. מהעבר השני כלובי תרנגולים, ארנבים ומכרסמים, מסגירים במעט את מאבק האיתנים המתחולל על עתיד המקום.
המבנה הייחודי במרכז ירושלים השוכן ברחוב הנושא את שמו של הרב קוק, הוא אחד המבנים הראשונים שנבנו בתקופת 'היציאה מהחומות', ונשתמר בשלמותו כדגם לחצר ירושלמית טיפוסית המלמדת על הווי החיים של יהודי ירושלים במאות השנים האחרונות.
ר' דוד רייז שעלה מפולין והיה יהודי אמיד וחשוך ילדים שרצה להשאיר לו שם וזכר, הקים בכספו בשנת תרל"ג את שכונת 'בית דוד' הנושאת את שמו. השכונה המהווה 'גשר' בין שכונת 'נחלת שבעה' ובין שכונת 'מאה שערים' שהוקמה כשנתיים לאחר מכן, מונה עשר דירות כבתי־הקדש למגורים, שנבנו סביב חצר ריבועית סגורה ובאמצעה בורות מים משותפים. בדירות אלו התגוררו דמויות מפורסמות רבות מנופה של ירושלים דאז.
בשנת תרס"ב נבנה בקומה השניה משכן עבור 'הועד הכללי – כנסת ישראל', שהיה אחראי על בניית השכונות החדשות מחוץ לחומות. הנדיב הארי פישל הקים בשנת תרפ"א בשלושת האגפים הנותרים את ביתו של הרב קוק, עם כניסה נפרדת וחצר מיוחדת. הרב קוק נכנס לגור בבית זה בשנת תרפ"ג והתגורר בו עד סוף חייו. בבית זה קיבל הרב קהל, ערך את השיחות המפורסמות מדי שבת בעת הסעודה השלישית, אליהן נהרו כל טובי ירושלים – מהמשכילים ועד אנשי היישוב הישן. גם ישיבת 'מרכז הרב' פעלה במקום במשך ארבעה עשורים, מאז ייסודה ועד שעברה בשנת תשכ"ד למשכנה הנוכחי בשכונת 'קרית משה'.
מאז פטירת הרב החל הועד הכללי של שכונת 'כנסת ישראל' לטעון לבעלות על הקומה השניה בה שוכן בית הרב, בטענה שהמבנה שייך להם ורק הושאל לרב קוק. שלט שיש ענק שנושא את שמו של הנדבן הארי פישל ומתנוסס עד היום בכניסה אף אומר מפורשות כי הבית ניתן כמשכן לרב הראשי, אולם הרב שהיה כהן, רצה לקיים בעצמו את הפסוק אותו נקרא בפרשת השבוע הבא, "לֹא יִהְיֶה לַכֹּהֲנִים הַלְוִיִּם כָּל שֵׁבֶט לֵוִי חֵלֶק וְנַחֲלָה עִם יִשְׂרָאֵל", ולא רצה לרשום על שמו אף נכס שהיה שייך לו.
רבה של ירושלים, הגאון רבי צבי פסח פרנק דחה אמנם את טענות הבעלות כבר לפני עשרות שנים, וקבע כי כל עוד בני משפחתו של הרב קוק או מורשתו ימשיכו לפעול במקום, הוא יישאר בידי תלמידיו וממשיכי דרכו – ישיבת מרכז הרב ואנשי 'בית הרב'.
ואכן, כבר יותר משלושים שנים שעמותת 'בית הרב', שבראשה עומד כיום רבה של ירושלים, הרב אריה שטרן שליט"א, מפעילה את המקום כמוזיאון חי למורשת הרב קוק, בו מבקרים מדי שנה כחמישים אלף מבקרים. אלו מסיירים בביתו של הרב על רהיטיו והפריטים האותנטיים שבו ועורכים היכרות עם חיי הרב באמצעות הדרכה והפעלות שונות. בית המדרש של הישיבה משמש כבית כנסת פעיל, בו מתקיימים שיעורים, ימי עיון והרצאות לאורך כל השבוע, בדגש על זמנים מיוחדים, כגון ההקפות השניות המפורסמות הנערכות מאז ימי הרב, והמקום שוקק חיים של תורה ותפילה המנציחים את מורשת הראי"ה.
גם בתי דין אחרים שנדרשו עם השנים לטענות הבעלות של 'כנסת ישראל' הצטרפו לדברי הרב פרנק, אולם לאחרונה התחדש הוויכוח, לאור העובדה כי השכונה הציורית הנמצאת במיקום יקר במיוחד, הפכה למבוקשת יותר ויותר על ידי כרישי נדל"ן רבי תיאבון, הנוגסים במבנים הישנים בזה אחר זה ומקימים תחתם מגדלים רבי קומות.
בשנים האחרונות, בכל ג' אלול – יום פטירת הרב, נערך בבית הרב 'מרתון שיעורים' של גדולי הרבנים בציונות הדתית לאורך כל היום, ובסיוע משרד הדתות יוצאות ביום זה הסעות מגבעת התחמושת בכל שעה עגולה אל ציונו של הרב קוק בהר הזיתים.
השנה יתווסף ביום זה גם מסע הסברה לחיזוק התודעה הציבורית לפעילותו השוטפת של המרכז הנושא ומשמר את מורשת הרב קוק, וכן מסע התרמה חד יומי שיסייע במאבק המשפטי על עתיד המקום.
אל כל שקל 'פרטי' שייתרם, ייתרמו שלושה שקלים על ידי הקרן על שם הארי פישל, (שהקים כזכור את בית הרב) ועל ידי משפחות וולקן וגרינפלד שנרתמו למאמץ.
המבנה עצמו מוגדר אמנם על פי החוק לשימור אתרים, כאתר היסטורי שיש לשמרו מבחינה פיזית, ובית הדין הרבני של ירושלים אף הוציא לאחרונה פסיקה חדשה הקובעת כי המקום שייך ללא פקפוק לעמותת 'בית הרב' ולא לוועד של 'כנסת ישראל'. למרות זאת, אנשי 'בית הרב' חוששים מתקדימי פסיקה של בית משפט אזרחי, שעלולה לגרום כי יריביהם יקבלו את המבנה לידיהם. במקרה שכזה קליפת הבניין העתיק אולי תשומר ותמשיך לעמוד על תילה בחזית מגדל חדיש, אולם תוכנו הפנימי של הבית המיוחד יימוג וייעלם.