האמונה איננה עומדת באוויר. האמונה עומדת על הבסיס האיתן ביותר הקיים בנפש. כל ההוכחות, כל העובדות, כל החשבונות, כולם באים ממה שאיננו אנחנו. הם באים מן המציאות. ואת המציאות אפשר לראות כך ואפשר לראות גם אחרת. חמור מזאת, גם אם העובדות הן מוצקות לחלוטין והחשבון הוא צודק לגמרי, עדיין אין זה אומר שאנו חיים על פי עובדות וחשבונות אלו. אם נהיה אמיתיים הרי שבמרבית המקרים איננו חיים על פי עובדות וחשבונות אלא על פי נטיית הלב, על פי זרימת החיים.
כיוון שכך, אם מציאות מוצקה אנחנו מחפשים בכלל, ובלימודי האמונה בפרט, את עצמנו אנחנו צריכים לחפש. את זרימת החיים ואת וודאותה. מה שזורם מבפנים זו האמונה הטבעית, זו המזוהה עם תחושת החיים, זו שאין צורך ללמדה אלא יש צורך ללמוד לחוש אותה ולחיות אותה. אמונה איננה דבר הנרכש מן המדעים החיצוניים כשאר הדברים הנרכשים על ידי השכל. אמונה היא כוח החיים הקיים בתוכנו ממילא וכל שעלינו לעשות הוא לחשוף אותו.
אמור מעתה: האמונה איננה עומדת באוויר, אלא נשענת על ההכרה הפנימית החזקה והמוצקה ביותר הקיימת באישיותנו.
לפי זה יש באמת מקום לשאול מה מקומו של השכל בעבודת האמונה. אם נרצה להיות ישירים לגמרי, נאמר שאין לו תפקיד. בהקדמת הרב קוק לספר הכוזרי הזכיר הרב את דבריו של אחד החכמים שחיו בדור שלאחר הרמב"ם שאמר שכל המבקש את האמונה בספרי הפילוסופיה כמבקש את החיים בבית הקברות.
עם זאת נראה שלכל המערכות השכליות שמרבים לעסוק בהן בלימודי האמונה יש תפקיד חשוב בסילוק רעשי הרקע הנלווים אל עבודת האמונה הטבעית. ייתכן ומתעוררות שאלות, ייתכן ויש נושאים שמציקים. כל אלו עלולים להעיב על היכולת לחשוף את כוח האמונה הזורם בתוכנו. לשם סיקול הקוצים הללו הסובבים את השושנה, לשם השקטת אותם רעשי רקע, אנחנו נזקקים אל המערכות השכליות שתיתנה תשובות המשקיטות את השכל ומאפשרות לחוויית האמונה לפרוץ.